La Chiesa di "Saint Benoit" anticamente chiamata "Santa Maria della Cisterna" fondata nel 1427, con adiacente il santuario, e la piu' antica chiesa cattolica di Istanbul ancora in uso.

Durante l'era bizantina, il 12 maggio 1427, il frate Benedettino Don Nicolas Meynet, insieme con i frati genovesi fondarono un monastero a Costantinopoli sul versante sud-est della collina di Galata.

I Genovesi, in quel periodo avevano, da alcuni anni, ingrandito per la sesta e ultima volta il muro che proteggeva la cittadella di Pera (Galata), e il monastero fu costruito appena dentro i nuovi bastioni. La chiesa, fu' dedicata a San Benedetto e la Vergine Maria e giaceva sulle rovine di un'antica chiesa e vicino a una grande cisterna, entrambe bizantine, questa fu' ragione per cui la chiesa era conosciuta anche come "Santa Maria della Cisterna".

Il 13 maggio 1449, i frati si unirono alla congregazione di St. Justine da Padova e nel 1450, il piccolo monastero aveva 16 monaci. Successivamente nel 1453, poco prima della conquista ottomana di Costantinopoli, i frati trasferirono tutte le reliquie e gli ornamenti religiosi a Chios (isola greca) e poi a Genova, per salvarli dall'imminente attacco ottomano.

Durante il periodo ottomano, dopo 1478, la comunita' fu' piu' volte coinvolta da lotte tra i frati, fino a quando il Sultano "Solimano il Magnifico" minaccio' di convertire l'edificio in moschea per i Mori che, espulsi in quegli anni dalla Spagna, furono reinsediati a Galata. Grazie all'intercessione del re Francesco I di Francia, i frati rimasero nel complesso, che divenne la cappella reale dell'Ambasciatore di Francia.

Nel 1540, la cisterna, risultava ancora attiva ed era gigante con 300 colonne, ma successivamente vennero smantellate e vendute dai genovesi. Il 18 novembre 1583, i membri della Compagnia di Gesu', inviati dal Papa Gregorio XIII, su richiesta della Magnifica Communita' di Pera (l'amministrazione genovese in Galata), si occupo' della chiesa, fondando una scuola nel recinto del monastero. Il santuario brucio' piu' volte e dopo il primo incendio nel 1610, fu' restaurata grazie a una donazione veneziana e francese.

St. Benoit fu' l'unica chiesa risparmiata dal grande incendio di Galata del 1660, ma il monastero in quella occasione fu' danneggiato e saccheggiato. Nel corso del XVII secolo, la vita del monastero fu' disturbato piu' volte dalla peste e da dispute interne tra frati.

Nel 1686 la chiesa brucio' a causa di negligenza e fu' restaurata dai frati e dall'ambasciatore francese. In questa occasione il "Mufti" di Istanbul dono' i pilastri ancora in piedi in cima alla scala, e approvo' il progetto di ricostruzione con la copertura del tetto in piombo e le volte, elementi consentiti solo per le moschee.

Nel 1696 la chiesa brucio' di nuovo, ma fu' restaurata un anno dopo dall'associazione dei commercianti di Marsiglia. In questo periodo "San Benoit" divenne la chiesa piu' prestigiosa di Galata, utilizzata anche come luogo di sepoltura della classe superiore e da numerosi aristocratici e ambasciatori francesi, inoltre, Saint Benoit fu' utilizzata anche come chiesa nazionale tedesca a Istanbul. Durante questi anni fu' aggiunto al complesso anche un ospedale. Nel 1731 l'edificio brucio' per la quarta volta e di nuovo fu' restaurato nel 1732 dall'Ambasciatore francese.

Dopo la soppressione della Compagnia di Gesu' avvenuta nel 1773, nel 1783 i frati francesi lazzaristi presero il possesso del complesso. Alla fine del XVIII secolo, fu' costruita una cappella dedicata a S. Anna. Dopo i problemi causati durante la Rivoluzione Francese, nel 1804 i frati restaurarono la chiesa e trasformarono la scuola esistente nel "Lycee Saint Benoit d'Istanbul" (in turco "Ozel Saint-Benoit Fransiz Lisesi"), che esiste ancora oggi ed e' una delle piu' prestigiose scuole private a Istanbul.

Nel 1839, le suore appartenenti alla comunita' "Soeurs de la Charite'" (Figlie della Carita'), societa' proveniente dalla Francia, fondarono nella scuola la sezione femminile. Nel 1840 la scuola fu' trasferita a Bebek, ma dopo la demolizione di parte dei bastioni genovesi di Galata, la scuola ritorno' di nuovo a Galata.

Nel 1865 parte della navata sinistra e dell'atrio con diverse iscrizioni furono bruciate. Questa parte della chiesa fu' grossolanamente restaurata nel 1871. Nel 1867 il complesso fu ampliato con la costruzione di un orfanotrofio, un ospedale e un seminario denominato "Casa della provvidenza".